第一，管理體系不同：前者由政府任命（或職工選舉并經(jīng)政府審核同意）廠長(zhǎng)(經(jīng)理)，實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的經(jīng)理負(fù)責(zé)制，注重隸屬關(guān)系；國(guó)有獨(dú)資公司則建立以資產(chǎn)為紐帶的現(xiàn)代產(chǎn)權(quán)管理體系。

第二，治理結(jié)構(gòu)不同：前者治理結(jié)構(gòu)中的“老三會(huì)”，是指黨委會(huì)、工會(huì)、職代會(huì)，現(xiàn)代公司里的“新三會(huì)”，是指股東會(huì)、董事會(huì)、監(jiān)事會(huì)。新三會(huì)取代老三會(huì)，成為公司治理的核心機(jī)構(gòu)。

第三，管理者角色不同：全民所有制的廠長(zhǎng)(經(jīng)理)是上級(jí)任命的，是企業(yè)法定代表人，在企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)中處于中心地位。國(guó)有獨(dú)資公司的經(jīng)理是由董事會(huì)聘任，對(duì)董事會(huì)負(fù)責(zé)。董事會(huì)與經(jīng)理層相分離，董事會(huì)是決策機(jī)構(gòu)，經(jīng)理層是執(zhí)行機(jī)構(gòu)。

第四，法律適用不同：全民所有制企業(yè)適用《全民所有制工業(yè)企業(yè)法》，這個(gè)法律雖然比較老舊，但在2009年08月27日經(jīng)過一次修訂后，目前仍然有效。目前，全民所有制企業(yè)將逐漸改組為有限責(zé)任公司或者股份有限公司，即“改制”。如果該全民所有制企業(yè)屬于公司則也適用《公司法》，如不是公司則不適用。國(guó)有獨(dú)資公司則《公司法》。

但是，有人說改制以后，國(guó)有企業(yè)就不再是全民所有制性質(zhì)了。這種理解是錯(cuò)誤的。從財(cái)產(chǎn)性質(zhì)上說，國(guó)有資產(chǎn)屬于全體人民所有?！秶?guó)資法》規(guī)定：“國(guó)有資產(chǎn)屬于國(guó)家所有即全民所有?！?因此，“國(guó)家所有”與“全民所有”是個(gè)等價(jià)的概念，全民所有制企業(yè)與國(guó)有獨(dú)資公司只是組織形式上不同，改制前后所有制性質(zhì)是不變的。